A segunda temporada começa diretamente onde a primeira terminou, com Clark lidando com as conseqüências dos furacões que atingiu Smallville. Nesta temporada, Clark finalmente descobre quem ele é e de onde ele vem, mas deve também reconhecer um destino em potencial posto em movimento por seu pai biológico, que pode mudar a sua vida ea vida daqueles ao seu redor para sempre. A relação de Clark e Lana Lang se torna cada vez mais próxima, forçando a sua amizade com Chloe Sullivan . o melhor amigo de Clark, Pete Ross, descobre o segredo de Clark nessa temporada.

01 - Depois da Tempestade (Vortex)

Após salvar Lana do olho da tormenta, Clark fica sabendo que ela arrastou a nave especial e enterrou seu pai vivo junto com um jornalista corrupto que descubriu o segredo do herói. Lex sente arrepemdimentos por demorar para salvar seu pai. Depois de uma longa busca Clark encontra Jonathan e o jornalista, mas o lugar estava cheio de pedras de meteoro e ele fica fraco. Jonathan e o jornalista Roger Nicson tem uma briga e Jonathan estava prestes a ser morto quando Lex aparece e mata Roger Nicson. No fim a cidade começa a se reconstruir do tornado.

02 - O Novo Poder (Heat)

Uma nova professora chamada Desyrê, muito bonita e jovem entra na escola de smallville e logo na primeira aula dela Clark desperta um novo poder, a visão de calor. Logo depois ele descobre que essa professora vai se casar com Lex depois de eles se conhecerem apenas a alguns dias. O casamento acontece mas logo depois Desyrê aparece no celeiro e tenta seduzir Clark, mas acaba não conseguindo. Ela possui o poder de fazer os homens se apaixonarem e obdecerem ela, mas Clark e imune. Desyrê então tenta incriminar Clark sobre o incendio do seu carro, forjado por ela mesma. Clak e preso e Jonathan vai até a mansão falar com Desyrê, mas acaba sendo controlado por ela e tenta matar Lex. Clark chega a tempo de parar seu pai e ainda deter Desyrê que acaba presa.

03 - A Revelação (Duplicity)

Pete descobre a espaçonave no milharal. Sem alternativas, Clark conta toda a verdade a ele sobre si mesmo, temendo que Pete poderá não lidar bem com esse segredo. Frase de destaque: Lionel - "Não menospreze os lunáticos ou malucos, Lex. Todo Rei Artur precisa ter o seu Merlin"

04 - Rebeldia (Red)

Clark usa um anel de formatura contendo Kryptonita vermelha, que, sem saber, faz com que ele se torne rebelde, vindo a causar muita confusão. Ao mesmo tempo ele conhece uma misteriosa garota e acaba se envolvendo em um esquema de muito dinheiro. No fim Jonathan e Pitt conseguem para-lo.

05 - Poemas de Amor (Nocturne)

Lana se encanta por um poeta misterioso que lhes deixa diversas cartas de amor. Lana e Clark vão investigar o poeta e descobrem que ele não é o que aparentava ser.

06 - Sede de Juventude (Redux)

Uma moça faz diversas vítimas na escola, só para se manter jovem. É que na verdade, ela beija as suas vítimas para sugar-lhe a juventude, para assim, nunca envelhecer. Clark descobre isso e tenta impedi-lá.

07 - Em busca das Origens (Lineage)

Uma mulher aparece em Smallville dizendo ser mãe de Clark, deixando Martha e Jonathan temerosos, já que Clark nem se quer desse planeta é.

08 - A volta de Ryan (Ryan)

Ryan, o garoto com poderes telepáticos, está sendo vítima de um médico que anda fazendo muitas experiências ilegais com ele, cabendo a Clark salvá-lo.

09 - Duplo (Dichotic)

Ian tem o poder de estar em dois lugares ao mesmo tempo, já que ele pode se dividir em dois. Com esse poder, ele conquista Lana e Chloe ao mesmo tempo, deixando Clark perplexo, que precisará achar um meio de impedir que ele brinque com os sentimentos de suas amigas.

10 - Mutantes (Skinwalker)

Clark descobre uma caverna que carrega diversos segredos sobre ele, e ainda se apaixona por uma mulher que sabe sobre sua história. Ela se chama Kayla e é descendente de uma tribo indigena que tenta proteger a caverna. Mas alguns atentados acontecem contra um funcionario da Luthor corp, Marta Kent que trabalhava para Lionel e finalmente para o proprio Lionel Luthor. No fim clark descobre que Kayla e a responsavel e que ela pode se transformar em lobo. Ela acaba morrendo mas as cavernas são preservadas.

11 - Falsas Aparências (Visage)

Whitney volta para Smallville para reconquistar Lana, que, a essa altura, não lhe ama mais. Só que sem Lana saber, Whitney é Tina disfarçada, que planeja mais uma vez, possuir Lana perto de si, cabendo a Clark enfrentá-la antes que Lana corra perigo.

12 - Insurreição (Insurgence)

Lex contrata capangas para roubar seu pai. Só que os bandidos fazem Martha e Lionel de reféns, cabendo a Clark salvá-los.Nesse episódio Clark usa pela primeira vez o super pulo.

13 - Suspeito (Suspect)

Lionel é baleado e Jonathan é acusado de ter disparado o tiro. Clark e Pete investigam o caso para provar a inocência de seu pai.

14 - Pura Adrenalina (Rush)

Um verme parasita infecta Chloe e Pete, alterando assim seus comportamentos. Pete infectado, usa a kryptonita vermelha em Clark, que acaba por desprezar Lana.

15 - O Filho Pródigo (Prodigal)

Lex encontra Lucas, seu irmão. Juntos, eles planejam se unir contra o pai, Lionel.

16 - Febre (Fever)

Martha e Clark ficam doentes por causa da Kryptonita. Resta a Jonathan achar uma solução para que sua família não morra. Enquanto isso, Chloe abre seu coração a Clark quando este se encontra inconsciente.

17 - Respostas (Rosetta)

Dr. Virgil Swann possui uma mensagem à Clark de seu planeta natal. E Lana se muda da casa de Chloe após ambas discutirem.

18 - O Visitante (Visitor)

Clark acredita ter encontrado uma pessoa de seu planeta natal, ele é um garoto do seu colégio. Só que o mesmo possui problemas mentais, não sendo o que Clark pensou que seria.

19 - Precipício (Precipice)

O ex-namorado de Helen chega a cidade e a esfaqueia, deixando Lex furioso, que planeja se vingar do homem com as próprias mãos. Enquanto isso, Clark é processado por danos morais, após agredir um homem que estava agredindo Lana.

20 - Testemunha (Witness)

Clark falha quando não consegue impedir um roubo de um caminhão que está repleto de Kryptonita. Clark se vê em meio a uma conspiração dos bandidos, que ameaçam matar Martha e Jonathan.

21 - Acelerado (Accelerate)

Lana recebe a visita de uma amiga de infância, Emily, que esta morta há anos. Assustada, Lana pede ajuda a Clark para descobrir o que esta acontecendo.

22 - O Chamado (Calling)

Dr. Walden acorda do coma e diz a Lex e Lionel que Clark está destinado a dominar o mundo. Enquanto isso, Chloe descobre que Clark e Lana estão juntos,no final Clark fica sabendo de seu destino .

23 - Êxodo (Exodus)

Jor-El, o pai biológico de Clark, o avisa que ele deve deixar Smallville. Não querendo isso, Clark rouba uma cópia da Chave octagonal feita por Lionel com resíduo de kryptonita e a põe na nave, destruindo-a. O impacto da explosão causa a morte do bebê de Martha. Sentindo-se culpado, Clark deixa Smallville.