Nessa temporada, Chloe Sullivan é possuída por Brainiac e se torna alvo de desejo de Davis Bloome, o Doomsday, único inimigo capaz de matar Clark Kent. Nesse ano, Clark terá a díficil tarefa de salvar a amiga de seus inimigos, cuja vida se encontra por um fio.

01 - Odisséia

O Arqueiro Verde se junta a Canário Negro, Aquaman e Ajax para localizar Clark Kent, visto pela última vez no Ártico. Enquanto isso, um novo diretor executivo é escolhido para liderar a LuthorCorp. Chloe é raptada por um grupo secreto que descobriu o poder especial que ela tem.

02 - Explosiva

Chloe convida uma moça de 15 anos que está ferida para se mudar para sua casa, mas essa moça é muito perigosa. Enquanto isso, Clark tem seu primeiro dia de trabalho com Lois.

03 - Veneno

Oliver é envenenado e começa a ter flashbacks da época em que ganhou suas habilidades de arqueiro e conheceu Tess. Enquanto isso, Chloe precisa tomar uma decisão que surpreende Clark.

04 - Instinto

Maxima, rainha do planeta Almerac, chega à Terra depois de ser chamada por Tess. Os homens de Metropolis precisam ter cuidado: o beijo de Maxima é mortal.

05 - O Teste

Chloe e Jimmy estão entre os vários casais raptados por um joalheiro psicótico que faz com que suas vítimas passem por um detector de mentiras para que eles meçam seus sentimentos um pelo outro. Clark e Lois fingem estar envolvidos para enganar o seqüestrador e encontrarem seus amigos.

06 - O Predador

Um serial killer está solto em Metropolis. Clark e Chloe ficam um contra o outro. Ele acredita que Davis Bloome é o responsável, enquanto ela defende seu novo amigo.

07 - Identidade

Jimmy tira uma foto de Clark salvando Lois, mas a imagem sai borrada. Tess decide qual matéria deve sair na primeira página do Daily Planet. Chloe se recusa a ajudar Clark.

08 - Linhagem

Clark recebe o cristal para reconstruir a fortaleza da solidão porem o cristal acaba mandando ele e Lois para Zona Fantasma e lá encontram Kara. Quando Kara e Clark decidem mandar Lois de volta a Terra, o espírito de Faora possui Lois e ela vai atrás de seu filho, Davis que na verdade é o Doomsday .chloe com a ajuda de Oliver roubam uma tecnologia da Tess e ela consegue trazer Kara e Clark de volta da zona fantasma.

09 - Abismo

Brainiac faz com que Chloe se esqueça de todos os seus amigos e de seu noivo, Jimmy, exceto de Davis, do qual é a única pessoa que ela se lembra. Desesperado, o rapaz pede a ajuda de Clark e o mesmo leva Chloe para a Fortaleza da Solidão, para que Jor-El possa lhe ajudar e pede a ele para que ela se esquessa de seu segredo.

10 - O Casamento

Chega o dia do casamento de Chloe e Jimmy, mas Davis como Doomsday vai impedir que isso aconteça e sequestra Chloe e fere Jimmy. Davis leva Chloe para a Fortaleza da Solidão e lá, ela é possuída por Brainiac novamente. Enquanto isso, Lana retorna a Smallville com Oliver para o casamento de Chloe, escondendo um grande segredo consigo. E o clima entre Lois e Clark esquenta na festa.

11 - Legião

Chloe possuída por Brainiac, faz com que a Legião de Super Heróis venha do futuro auxiliar o jovem herói nessa missão e revela que Chloe não está no futuro de Clark. Eles dizem que vão matá-la para assim, poder destruir Brainiac, enquanto que Clark terá que tentar de alguma forma, salvar a amiga sem que ela morra. E Chloe tem as lembranças restauradas acerca do segredo de Clark.

12 - À Prova de Balas

Clark descobre que John Jones foi baleado enquanto trabalhava em uma ocorrência da polícia, então Clark veste um uniforme e se infiltra para achar o culpado. Enquanto isso, Lana se confronta com Tess e diz a ela que Lex não é o homem que ela pensa ser. Esses avisos da Lana forçam Tess a reavaliar sua opinião sobre Lex Luthor.

13 - Poder

Lana está envolvida num projeto da LuthorCorp para lhe dar poderes, porém contra a vontade de Clark. Clark descobre que Lana fez o vídeo de despedida sendo forçada. Por fim Lana Lang consegue ter o que sempre quis, poderes especiais.

14 - Requiem

Uma explosão na LuthorCorp mata todos os membros da diretoria e fere Oliver, que estava no local para anunciar a fusão de sua empresa com a LuthorCorp. Oliver acredita que Lex é responsável pela explosão, mas Clark e Lana descobrem que o terrorista é Winslow Schott, um criador de brinquedos e antigo funcionário das Indústrias Queen que pretende acertar as contas com seu antigo empregador mas Winslow está trabalhando para Lex que está vivo. Lana descobre que sua pele foi recriada para ingerir alta dose de kryptonita, após fazer isso para salvar Metrópolis ela fica impedida de chegar perto de clark pois pode matá lo sendo assim para protege-lo Lana Lang vai embora de vez de Pequenopolis e da vida de Clark Kent.Oliver explode o caminhão onde Lex se encontrava.

15 - Infame

Melhor dizendo, Clark Kent iria revelar não só a Lois seu segredo, mas a todos, Sendo que nem tudo ocorre como o esperado e ele acaba tendo que usar o anel da Legião e volta no tempo.

16 - Turbulência

Tess convida Clark para uma conferência de imprensa em Nova Yorque, mas quando uma explosão acontece no jato particular em que eles estão, Clark tem que descobrir uma maneira de salvá-los sem que Tess saiba seu segredo. Sem Clark saber, Tess armou a explosão para forçá-lo a revelar seus poderes. Enquanto isso, Davis descobre uma maneira surpreendente de controlar o monstro que possui dentro de si.

17 - Desejos

É a festa de aniversário de Chloe, e uma misteriosa mágica chamada Zatanna concede o desejo de Chloe para ser mais como Lois e ela adquire o corpo físico da prima. Zatanna procura o livro de feitiços de seu pai para assim ela poder trazer o espírito dele, mas não antes de também conceder a Clark o desejo mais profundo dele.

18 - Imortal

Tess tenta matar Davis, explodindo seu carro. Depois que ele escapa, ela percebe que precisa de ajuda para destruí-lo e pede ajuda à Clark. Tess revela segredos da infância de Davis com os Luthors e conta que sabe da verdadeira identidade de Clark. Enquanto isso, Davis pede ajuda à Chloe para morrer, Clark tenta impedir, só que quando ele está a ponto de se transformar na Besta, Chloe despeja kriptonita nele, assim para tentar mata-lo, mas sofre ao fazer isso. No final, Davis aparece para Chloe, dizendo que as pedras de meteoro apenas o fortaleceu mais ainda, e que precisa ficar perto dela para acalmar a fera que há dentro dele, e pede para ela ficar com ele.

19 - Salto Fino

Lois acredita que precisa de uma grande matéria para manter sua reputação como uma grande repórter, mas o Borrão Azul-Vermelho continua em evitá-la. Entretanto, depois de Chloe ser assaltada, Lois consegue derrubar um dos assaltantes, e usa a oportunidade para simular uma nova super heroína - Stiletto - chegou à cidade e está dando informações exclusivas para Lois. Clark está preocupado em vê-la machucada se passando por uma super heroína, mas após ele ser sequestrado por bandidos com kryptonita, Lois aparece para salvar o dia.

20 - A Besta

Chloe pede para que Davis deixe a cidade com ela, enquanto isso, Clark descobre que Davis ainda está vivo e confronta Chloe perguntando-a o motivo dela estar o protegendo. Oliver descobre que Jimmy invadiu o apartamento de Chloe, mas as coisas ficam rapidamente piores após Davis sair das sombras e atacar eles dois.

21 - Injustiça

Chloe pede a Clark que mate Davis pois ele não consegue mais controlar Doomsday. Para ajudar Clark a localizá-lo, Tess reúne uma equipe de superdotados. Mas as coisas não saem como planejadas, Clark pretende usar a kriptonia preta para separar Davis de Doomsday e assim mandar o monstro pra Zona Fantasma.

22 - Uma Grande Ameaça

Rokk retorna do século 31 para avisar Clark que ele será morto por Doomsday, para que isso não aconteça o jovem dá a Clark o anel da Legião para mandar Doomsday para o futuro. No entanto, Clark decide usar a kriptonita preta para separar Davis de Doomsday e enfrentar o monstro. Tess confronta Lois pois pensa que ela roubou a esfera kryptoniana, as duas se enfrentam, Lois encontra o anel da Legião e desaparece. Quando Davis começa a se transformar, Chloe usa a kryptonita preta e o separa de Doomsday. Clark e Doomsday se enfrentam nas ruas de Metrópolis e a besta kryptoniana morre após a luta. Davis perfura o peito de Jimmy enquanto ele e Chloe reatavam o namoro. antes de morrer Jimmy consegue matá-lo. Clark diz a Chloe que o seu lado humano foi o responsável por tudo isso, ele desaparece dizendo: "Clark Kent está morto". A esfera retorna para Tess e traz Zod de volta.